Sân bay quốc tế Bukhara thường xuyên có các chuyến bay đến các thành phố khác của Uzbekistan và Nga. Thành phố cách biên giới với Turkmenistan khoảng 80 km với tuyến Đường cao tốc M37 dẫn đến Tükmenabat và xa hơn nữa là Ashgabat. Thành phố này cũng được phục vụ bởi các tuyến đường sắt kết nối với phần còn lại của Uzbekistan và là trung tâm của các tuyến đường bộ dẫn đến tất cả các thành phố lớn ở Uzbekistan và xa hơn nữa, bao gồm cả thành phố Mazar-i-Sharif ở Afghanistan thông qua Đường cao tốc M39. Thành phố Samarkand cách Bukhara 215 km về phía đông.